Частицы бывают для Software Hardware рендеринга соответственно, если напротив типа частиц не стоит s/w значит в окне рендера они будут не видны (читай строку сообщений, там все поясняется). Поэтому, если прибило сделать много шариков, либо делай как сказал alex (хотя по-моему это слегка через ж0пу) я бы просто заменил Instancer'ом частицы на шарики.
И рендериться все вместе, и с материалами проблем никаких.