Клипы это законченный куски анимации - допустим походка персонажа, прыжок персонажа, стрельба из лука и т.п. Их можно растягивать, смешивать чтобы получить плавный переход от походки к прыжку.
Анимация по слоям - делаем первый слой в нем анимируем ногу, делаем второй слой в нем анимируем голову, делаем третий слой в нем анимируем руку все одного персонажа - теперь мы можем если не нравится отключить любой слой,уменьшить его вес в общей анимации и т.п.
В общем Trax - это для миксования готовых кусков анимации , анимация по слоям - это для гибкости (как слои в фотошопе) можно сделать все в одной слое , можно разбить эту же анимацию на 10 слоев и потом смешивать их.