Тут все проще: правой клавишей на ивенте - закладочка media - в alpha channel выставляешь тот тип альфы, с которым выгружал из афтера.
Аналог афтеровского interprete footage, только без предложения guess.
А тема с хромакеем, на мой взгляд, чуть усложняет композицию и увеличивает время рендера.
Все же вариант некомпресса rgb+alpha или image sequence несколько более корректен.