Ура, получилось сохранить альфа канал в бмп. Делается это следующим образом: щелкаем на вкладке Output Object. Выбираем из списка Windows BMP. Открываем окно Properts для Windows BMP, ставим флажок Edit Bindings. Из верхнего списка удаляем все каналы, потом из нижнего списка выбираем Alpha, жмем на кнопку Add. Теперь вместо R,G,B в каждом канале будет Alpha, что и требовалось.