Насколько я знаю, трехмерные объекты накладываются на видео в программах трехмерного моделирования. После соответствующей обработки видео с применением специального программного обеспечения(Boujou, MatchMover или встроенных средств программ композитинга). После обработки получаешь систему точек к которой можно привязывать 3d-объекты. Так что если отвечать на твой вопрос по существу для слияния можешь использовать 3ds max, maya, Softimage... ммм ну и дальше сами впишите